クリップを取り込む際に

メディアマネージャーのエンコーディングセッテイングに、"リミットビデオレゾリューション"という項目があります。

これはインポートするクリップの解像度の上限を決める設定です。
リミットビデオレゾリューションにチェックを入れて、例として720x480 と入力。
800x600 のレゾリューションのクリップをインポートすると720x480 でインポートされます。

マニュアルにも記載された 「異なったレゾリーションのクリップを使用するとレスポンスが悪くなる」 の対策に試してください。